Satuan Pengawas Internal (SPI) Universitas Nusa Cendana berdiri pada tanggal 10 Februari 2010 berdasarkan Keputusan Inspektur Jenderal Nomor Kep.67/B/Kp.2010. Penetapan SPI Undana mengacu pada pasal 2 Peraturan Menteri Pendikan Nasional Nomor 16 Tahun 2009 tentang Satuan Pengawasan Intern (SPI) di lingkungan Departemen Pendidikan Nasional. Pengangkatan pimpinan SPI perode pertama ditetapkan melalui Surat Keputusan Inspektur Jenderak Kemendiknas RI. Pada periode kepemimpinan selanjutnya, seiring dengan pelimpihan kewenangan kepada pemimpin Universitas, pengangkatan pimpinan SPI ditetapkan melalui Surat Keputusan Rektor. Satuan Pengawasan Internal (SPI) Universitas Nusa Cendana secara struktural berkedudukan di bawah dan bertanggungjawab kepada Rektor. Meskipun berkedudukan di bawah Rektor, SPI dalam menjalankan tugas profesinya, tetap memegang prinsip bersifat independen, obyektif, memiliki integritas, professional/kompetensi,  kerahasiaan, dan tidak terpengaruh oleh tekanan pihak manapun, serta memegang teguh Kode Etik Auditor SPI Undana.
Dalam kurun waktu 2010-2020, SPI Undana telah mengalami lima (5) kali pergantian pimpinan. Adapun pimpinan dimaksud sebagai berikut: